Я пользуюсь всеми тремя возможностями Это дает гибкость.
В первых версиях программы настройки хранились только непосредственно в пользовательском файле в отдельной ветви "__Settings" (подчеркивания обязательны). Теперь есть выбор. Если в реестре, то это настройки по умолчанию для всех файлов (самая большая дискета). Если хотите все настройки иметь прикрепленными к файлу (они попадут в ветвь __Settings), и тогда параметры работы с ним не будут зависеть от того, на каком компьютере вы их откроете, тогда использовать надо среднюю дискету (это действие выполняется по Enter в диалоге, по умолчанию для совместимости со старыми версиями). А маленькая дискета позволяет сохранить только отличия в настройках от тех, что по умолчанию. Последний вариант полезен, например, для функции резервного копирования. На основном компьютере она включена и прописана в реестре по умолчанию. В файле настройки нет. Когда я прихожу на чужой компьютер, эта настройка берется из начальных-"заводских" (кнопка домик в диалоге) - не делать резервное копирование. У настроек, сохраненных в файле, всегда приоритет по сравнению с настройками в реестре.
Привязываться к Linktreenotes.ехе нельзя, т.к. мусорить в системной папке программ не рекомендуется. Она может быть на носителе, который не любит записи. В Windows принято хранить настройки в реестре - это то же самое, что в отдельном файле, но поддерживается системой и моей библиотекой. Кроме этого таким образом поддерживается несколько пользователей на одном компьютере.